MAN 2 Kuningan berdiri sejak tahun 1985 dengan nama MA Ciawigebang. Selama perkembangannya, tahun 1990 lembaga ini bergabung dengan yayasan GUPPI (Gerakan Usaha-Usaha Pembaharuan Pendidikan Indonesia) dan terus berkembang menjadi salah satu lembaga yang menjadi kebanggaan masyarakat Ciawigebang. Tahun 1994, lembaga ini melepaskan diri dari yayasan GUPPI sehingga berubah nama kembali menjadi MA Ciawigebang. Tahun 1995 MA Ciawigebang mendapatkan penawaran dari Kementerian Agama Pusat untuk mengikuti proses penegerian. Tahun 1995, usulan penegerian MA Ciawigebang disetujui oleh Kementerian Agama Pusat. Dan tepat tanggal 25 November 1995 keluar SK penegerian Nomor 515A Tahun 1995 dan sejak itulah MA Ciawigebang berubah nama menjadi MAN Ciawigebang. Sejak awal penegerian, MAN Ciawigebang terus mengembangkan diri baik secara kuantitas maupun kualitas. MAN Ciawigebang bukan hanya menjadi kebanggaan masyarakat Ciawigebang, tetapi lembaga ini semakin memiliki nama baik di tingkat kabupaten maupun Provinsi Jawa Barat. Sejak itulah MAN Ciawigebang terus berkiprah dan berhasil menorehkan prestasi yang gemilang dalam berbagai bidang. Sesuai dengan surat keputusan Kementerian Agama Provinsi Jawa Barat Nomor 868 Tahun 2016, MAN Ciawigebang berubah nama menjadi MAN 2 Kuningan. Sampai sekarang nama MAN 2 Kuningan terus berkibar dan menjadi kebanggaan kementerian agama.